学校位于山东省济南市，校本部坐落于风景秀丽的千佛山脚下，占地217亩，建筑面积15.7万平方米；新校区位于济南长清大学科技园，占地1748亩，规划建筑面积48万平方米，2005年已完成一期工程建筑面积17万余平方米，入住学生4000余人。学校仪器设备总值5871万元，馆藏图书89万册(其中电子图书32万册)，有配置完善的计算机校园网和现代教育技术设施。
学校现设有基础医学院、药学院、针灸推拿学院、护理学院、人文社科学院、理工学院、外国语学院、体育艺术学院、信息管理学院、临床学院、第二临床学院、继续教育学院、高等职业技术学院、国际教育学院等14个学院。
学校注重加强学科建设，形成了一批优势和特色学科。现拥有中医基础理论和中医医史文献2个国家级重点学科，这两个学科同时为国家中医药管理局重点建设学科和省级重点强化建设A级学科。有中医经方、中药炮制、种质资源等3个山东省工程技术研究中心，1个省部共建中医药经典理论教育部重点实验室。有周围血管病、老年病2个国家中医药管理局重点建设专科,天然药物、中西医结合肿瘤防治技术、细胞与分子、中药制剂4个国家中医药管理局三级实验室。另外，有省部级重点学科、重点专科和重点实验室15个，厅局级重点学科（专科）13个。形成了医史文献研究、中医基础理论、中药研究、中西医结合临床研究等优势学科群。学校的中医文献在学科建设、学术发展和人才培养上形成了自己的特色，这是学校的特色项目。
学校拥有较完备的教育层次。有中医学和中药学2个博士后科研流动站。中医学、中西医结合、中药学均为博士学位授权一级学科，下有中医基础理论、中医临床基础、中医医史文献、中西医结合基础、中药学、方剂学、中医诊断学、中医内科学、中医外科学、中医妇科学、针灸推拿学、中医骨伤科学、中医儿科学、中医五官科学、中西医结合临床等15个博士学位授予点；有中医学、中西医结合、中药学、生物医学工程、药学等5个硕士学位授权一级学科，下有中医基础理论、中医临床基础、方剂学、中医诊断学、中药学、中西医结合基础、药物化学、生药学、针灸推拿学、中医医史文献、生物医学工程、影像医学与核医学、中医内科学、中医外科学、中医骨伤学、中医妇科学、中医儿科学、中医五官科学、中西医结合临床、眼科学、药剂学、药物分析学、微生物与生化药学、药理学、应用心理学、马克思主义中国化研究等26个硕士学位授予点，硕士点涵盖了中医学、中西医结合、中药学全部二级学科，并开始向周边学科渗透。并有临床医学专业博士和硕士学位授予权。现设有中医学七年制、中医学五年制、中药学、制药工程、针灸推拿、市场营销、护理学、英语、应用心理学、中西医临床学、康复治疗学、药学、法学和运动人体科学等20个本科专业，36个专业方向，涉及医、理、文、工、管、法、教育学等7个学科门类，其中法学、运动人体科学专业是教育部控制布点的12个本科专业之一。形成了以中医药学科为主体、多学科门类协调发展的教育结构体系。
学校重视临床和实践教学。有2所直属附属医院——山东中医药大学附属医院（山东省中医院）、山东中医药大学第二附属医院（原济南铁路中心医院）。有7所非隶属附属医院，16所教学医院，84处教学科研基地。目前，全日制在校生9971人，其中普通本专科生8467人，研究生1061人，外国留学生和港澳台学生282人，成人脱产专科班学生161人，另有函、业大学生5593人。同等学历在职申请硕士学位学生440人。各类在校生16000多人。
学校具有较强的科技创新能力。有4个研究所（文献、天然药物、针灸、中西医结合）、6个独立设置的研究室，有2项成果荣获首届全国科技大会奖，有1项成果获第十四届日内瓦国际发明展览会金奖。1991年以来荣获国家科技进步奖、国家发明奖等国家级科技奖励6项，获部、省、厅级科技奖励257项，有60余项科研成果得到转化。现承担国家级重大科研项目2项、国家级课题26项、省部级课题45项。主办的《山东中医药大学学报》为中国科技核心期刊，在全国同类期刊中享有盛誉。与山东省中医药学会共同主办的《山东中医杂志》2001年入选中国期刊方阵。还承担《中国肛肠杂志》、《中国中西医结合影像杂志》编辑出版任务。1990年以来，编著出版医药、社科等各类教材和专著1200余部，在国家中医管理局组织的“新世纪高等中医药教材”编写工作中，担任了32部教材的主编和副主编任务。据中国科学技术信息研究所《中国科技论文统计与分析》公布的结果，学校2000年和2001年连续两年发表的科技论文居全国医学高校前30位。是科技部认定的“国家科技成果重点推广项目技术依托单位”、“国家中药现代化、产业化规范种植项目承担单位”。
学校拥有实力雄厚的师资队伍。现有教职医护员工3340人，其中校本部937人。有专任教师508人，终身教授1人，山东省泰山学者2人，博士生导师32人、硕士生导师194人，教授和主任医师等167名、副教授和副主任医师等452名。有37位专家享受国务院政府特殊津贴，14位省部级专业技术拔尖人才、7位省部级有突出贡献的中青年专家、5位中国百名杰出青年中医、22名省级中青年学术骨干和学科带头人培养对象，5位“山东省有突出贡献的名老中医药专家”、31位“山东省名中医药专家”。37名教师获“山东省千名知名技术专家”称号。特聘4位院士为学校名誉教授。
学校十分注重对外交流与合作，先后与日本、韩国、德国、英国、澳大利亚及东南亚等国家和地区的十余所大学建立并保持长期友好合作关系。与德国、英国的有关医疗机构联合在国外办医，经教育部批准与马来西亚中医学院联办7年制本硕连读班。留学生规模位居省内高校前列。
目前，学校正在以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，牢固树立和认真贯彻落实科学发展观，同心同德，干事创业，开拓进取，全面实施学校第三次党代会确立的“教学立校、科研兴校、人才强校”基本办学方略和“两步走”发展战略，积极推进“创优迎评”和新校区建设两项伟大的再创业工程，为实现建设位居全国中医药院校前列强校的宏伟目标而努力奋斗。
